1988 m. tyrimas. Į pasklidusias žinias apie Rainių žudynes buvo sureaguota Maskvoje dar 1942 m. gruodžio 2 d. išleidžiant atsišaukimą „Kas tie „bolševikų kankiniai?“: jie gabeno iš Vokietijos ginklus, iš kurių šaudė Lietuvos patriotus, jie šnipinėjo hitlerininkams ir gabeno sprogstamąją medžiagą lietuviškoms įmonėms sprogdinti. Tai jie ir jų sėbrai, Hitlerio gaujoms įsiveržus, padėjo vokiškiems budeliams šimtais šaudyti mūsų brolius <...> šis pavyzdys aiškiai rodo, ko vertas visas vokiečių melas apie tariamus žiaurumus Tarybų Lietuvoje“. Lapeliai su tokiais tekstais buvo mėtomi iš lėktuvų. Nors pats A. Sniečkus jau prieš kelis mėnesius tiksliai žinojo žudynių aplinkybes iš P. Raslano ir D. Rociaus paaiškinimų.
1941 m. birželio 27–28 d., nacistinės okupacijos pradžioje, prasidėjus Rainių žudynių tyrimui, buvo surastas politinių kalinių sąrašas su 76 pavardėm, bet kapavietėje rasti tik 73 kalinių palaikai. Dar trys surasti užkasti atskirai, du iš jų buvo raudonarmiečiai – Georgijus Kirilcevas ir Georgijus Michejevas. Kodėl jie buvo nužudyti, žinių nėra. Galima versija, kad atsisakė dalyvauti žudynėse.
Po rašytojo Stasio Kašausko publikacijos „Gimtajame krašte“ Telšiuose buvo nukabinta memorialinė lenta, skirta buvusiam Liaudies seimo nariui Domui Rociui (1905–1943), pakeisti jo vardu vadintos gatvės (Motiejaus Valančiaus vardu) ir tarybinio ūkio (Ryškėnų) pavadinimai. 1988 m. spalio 26 d. Lietuvos SSR prokuroras, 3 klasės valstybinis justicijos patarėjas Liudvikas Sabutis, susipažinęs su archyvinės medžiagos kopijomis ir laikraštyje „Gimtasis kraštas“ publikuota informacija apie 1941 m. birželio 24–25 d. Telšių rajono Rainių miškelyje nužudytus žmones, iškėlė baudžiamąją bylą. Tačiau prokurorams KGB tik 1989 m. vasarį atvėrė savo archyvą – nusiuntė 24 baudžiamąsias bylas, kurios buvo sudarytos Telšiuose politiniams kaliniams, tačiau reikalavo dirbti su jomis kaip su slaptais dokumentais.
Šarmaičio dezinformacija. Jau per pirmus du tyrimo mėnesius (1988 m. pabaiga) archyviniais dokumentais buvo patvirtintas P. Raslano aktyvus dalyvavimas Rainių žudynėse, tačiau tardymo laikas vis buvo pratęsiamas laukiant dokumentų iš Maskvos apie žudynėse galėjusius dalyvauti 8-osios armijos atstovus ir karinius dalinius. SSRS Gynybos ministerijos archyvas pateikti atsakymo neskubėjo. SSRS Vidaus reikalų ministro pavaduotojo B. V. Zabotino atsakyme prokurorui L. Sabučiui melagingai buvo teigiama, kad archyvuose žinių apie įsakymus dėl kalinių likvidavimo ar evakavimo nėra. Į dezinformavimo kampaniją buvo įraukti senyvo amžiaus komunistai. Vienas jų, Jonas Jurgaitis (komunistas nuo 1933 m.), 1988 m. lapkričio 20 d. aprašė tariamą Stasės Vaineikienės (1884–1946, Liaudies seimo narė, LSSR Aukščiausiojo teismo narė) pasakojimą apie vadinamųjų baltaraiščių organizuotą palaikų išniekinimą Rainiuose: „Baltaraiščiai įdavė žydų vyrams peilius ir įsakė lavonus sudarkyti, nesigailint, nes jie kol buvo gyvi norėję visus žydus sunaikinti, tai dabar jūs su jais susidorojate. Žydai lavonus peiliais subadė, supjaustė, žiauriai išniekino. Po to „atlikto darbo“ žydus nuvarė į kitą miškelį ir ten visus sušaudė, prieš tai išrengę nuogai. Kai neliko gyvų liudininkų, tuoj buvo iškviestos įvairios ekspertų komisijos, kurios nustatė, kad jų kūnai buvo žiauriai sudarkyti šaudymo metu.“ Komunistų partijos istorijos instituto prof. Romas Šarmaitis visa tai „surinko“ ir pateikė prokuratūrai. Prokurorai pirmiausia pradėjo tikrinti šias aplinkybes. Tačiau vis dar buvo likę tiesioginių įvykių liudininkų, kurie savo parodymais paneigė dezinformaciją apie tai, kad žydai niekino lavonus (Telšių žydai iš tikrųjų buvo atvaryti atkasti duobių su politinių kalinių palaikais ir įvykio liudininkų teigimu buvo stumdomi bei skriaudžiami). Tokie liudininkai buvo stalius Vaclovas Rubinas, traktorininkas Juozas Žilevičius („Galiu drąsiai tvirtinti, kad žmonės buvo palaidoti su sužalojimais. Iškasus jie jau nebuvo žalojami“), sargas Stasys Kilčiauskas, dailidė Stanislovas Šakalys ir kt. Be to, telšiškis Zusmanas Šapiro papasakojo Izraelyje sutikęs Berelį Vainą ir Leibą Savelį, kurie žinojo apie Rainių aukas ir papasakojo, kad buvo baltaraiščių nuvaryti į Rainių miškelį ir jiems liepę plauti lavonus, kurie jau buvo iškasti ir suguldyti prie duobių: „Sakė, kad lavonai buvę purvini, išniekinti.“
Vienintelė Dušanskio apklausa. 1988 m. lapkričio 11 d. buvo apklaustas kaip liudininkas Nachmanas Dušanskis, kuris tuo metu dirbo LSSR Statistikos komiteto skaičiavimo centro inžinieriumi. Tai iš esmės buvo vienintelė jo apklausa. N. Dušanskis teigė, kad dirbdamas Telšių NKGB skyriuje jokių bylų neturėjo ir parengtinio tardymo neatliko, vietos gyventojų neareštavo, nepripažino rašęs baudžiamosiose bylose rastus įrašus dėl suėmimų (tokie įrašai buvo Rainiuose nužudytų Povilo ir Stasio Balsevičių bei Vlado Sungailos bylose): „Aš asmeniškai neprisimenu nė vieno asmens, kurių vardu surašyti nutarimai man pateikti.“ Tik trijuose dokumentuose (dėl Rainiuose nužudytų Boleslovo Kavolio, Zenono Šakenio ir Broniaus Križinausko suėmimo) savo parašą iš dalies pripažino. N. Dušanskis teigė, kad 1941 m. birželio pradžioje išvažiavo į Jaltos sanatoriją „Oreanda“, kurioje buvo dar apie 60 kitų saugumo darbuotojų iš Lietuvos. Tą patį jis pakartojo ir savo paskutiniuose interviu, kuriuos davė 2007–2008 m. jau gyvendamas Izraelyje, tik jau kalbėjo apie 500 atostogaujančių NKVD darbuotojų iš Lietuvos NKVD priklaususioje sanatorijoje „Oreanda“ (kurioje buvo tik 60 kambarių).
Apie birželio 20 d. gavęs įsakymą grįžti į Lietuvą, N.Dušanskis birželio 21 d. vakare atvyko į Minską ir kitą dieną, jau prasidėjus karui, pasiekė Šiaulius. Įsodinęs tėvus į ešeloną, važiuojantį į rytus (traukinys taip ir neišvyko), ir pats atvažiavo iki Tryškių (30 km nuo Rainių). N. Dušanskis teigė, kad vėliau, birželio 26 ir 27 d., buvo Mažeikiuose. Apie Rainių žudynes neigė ką nors žinojęs: „Jau būnant Maskvoje iš Raslano ar dar kažko <...>, konkrečiai iš ko pasakyti negaliu, girdėjau, kad žmonių žudymas Rainių miškelyje buvo vokiečių provokacija, kad žmones sušaudė vokiečiai, persirengę Raudonosios armijos kariškių uniformomis. Kaip ten buvo iš tikrųjų, man nėra žinoma.“
1988 m. lapkričio 18 d. P. Raslanas pats parašė paaiškinimą Lietuvos SSR prokurorui apie Rainių žudynes. Pagrindinius teiginius pakartojo po kelių dienų prokuratūroje vykusios apklausos metu, tvirtindamas, kad kalinių „evakuacijos“ klausimus tvarkė su D. Rociumi ir 8-os armijos karininku M. Kompanijecu: „Atrinkus dokumentus (kardomųjų priemonių dokumentus), pasiėmiau su savim. Kitus sąrašus pasiėmė karininkai. Aš su tais dokumentais išėjau iš kalėjimo ir grįžau į skyrių <...>. Aš prie kalinių išvežimo nedalyvavau. Kitos dienos rytą mes sužinojome (mums užklausus štabą), kad politiniai kaliniai išvežti, kad esant neramumams jie sušaudyti Rainių miške.“ 1942 m. D. Rociaus parašytame paaiškinime minimą teiginį dėl dalyvavimo žudynėse Dušanskis kategoriškai neigė. Taip pat neigė ir savo paties 1942 m. A. Sniečkui parašyto paaiškinimo žodžius: „Aš lieku prie teiginio, kad aš išvežant kalinius iš kalėjimo ir vežant juos į Rainių mišką su jais nebuvau. Vykdant mirties bausmę kaliniams aš Rainių miške, toje vietoje – nebuvau, aš buvau Telšiuose. <...> šioje A. Sniečkui paaiškinimo dalyje daleidau netikslumų. Tai gal ir neetiška, tačiau iš tikrųjų aš kalinių sunaikinimo akcijoje nedalyvavau. Pagal situaciją irgi nesupratau, kas įvyks su jais.“
Tačiau 1988 m. gruodžio 23 d. buvo surastas ir apklaustas vienintelis žmogus, kuriam pavyko išgyventi Rainių žudynes, J. Šapalas. Jis papasakojo, kaip buvo vežamas, kad „kariškiai turėjo rankose medžioklinius peilius ir „kažką su jais darė kaliniams apie lytinius organus ir burnas“. Padarė išvadą, kad gali būti pjaustomi liežuviai ir lytiniai organai. Po kankinimo kariškiai šautuvų buožėmis smūgiais į galvos sritį pribaigė kalinius. Tai pamatę kiti kaliniai pradėjo sklaidytis, jis tuo metu atsilaisvino surištas rankas, pastūmė sargybinį ir pabėgo. Vėliau sužinojo apie atkasamus kalinius, atvyko į Rainių miškelį, kur pamatė subjaurotus lavonus.“ Po tokio liudijimo žlugo dezinformacija apie tikruosius žudynių dalyvius.
KGB įsikišimas. KGB nerizikavo ir jau po mėnesio, 1989 m. sausio 23 d., KGB pirmininkas gen. mjr. Eduardas Eismuntas sankcionavo „laikiną N. Dušanskio išvažiavimą į užsienį, atsižvelgiant į galimą pasilikimą nuolatiniam gyvenimui užsienyje“. Į Izraelį dar 1987 m. buvo išvykusi jo dukra su vyru. KGB įrašė labai aiškius buvusio savo darbuotojo išleidimo motyvus: „Kad išvengus jo patraukimo liudytoju tardyme ir teismuose nagrinėjant minėtąją bylą, o taip pat kaltinimų jam ir atsižvelgiant į tai, kad, prabėgus daugeliui metų, buvusios jo žinios apie valstybės saugumo organus nebėra valstybinės paslaptys.“ Po to LSSR KGB pirmininkas E. Eismuntas pateikė 1941 m. Telšių saugumo darbuotojų sąrašą, tačiau iš karto pažymėjo, jog N. Dušanskis Lietuvos SSR Telšių NKGB skyriuje dirbo tik iki 1941 m. birželio 23 d., o vėliau – NKVD Permės geležinkelio transporto apsaugos skyriuje.
Parengtinis tardymas Rainių žudynių byloje buvo keletą kartų pratęstas iki pat 1989 m. liepos. Visi duomenys rodė, kad žudynėse be P. Raslano dar aktyviai dalyvavo kalėjimo vyresnysis prižiūrėtojas Antanas Vaitkus (1905–1944, prie Šiaulių nušautas kartu su keliais raudonaisiais partizanais). D. Rociaus žmonos giminaitė Genovaitė Valiušienė apklausiama prokurorų teigė, kad D. Rocius prie žudynių visiškai neprisidėjo: „Juos nužudė vietiniai nacionalistai, norėdami apjuodinti Rocių ir Tarybų valdžią.“ D. Rocius savo 1942 m. paaiškinime buvo atskleidęs, kad kalinių nužudymo vietoje buvo NKGB viršininkas P. Raslanas, operatyvinis įgaliotinis Aleksejus Galkinas ir kalėjimo prižiūrėtojas Pocevičius (tokios pavardės sąrašuose nėra – aut. past.). Pats Rocius buvo išsiųstas į Baltarusijos miškuose veikiantį partizanų būrį ir žuvo 1943 10 17, o 1954 m. jo palaikai perlaidoti Vilniaus Antakalnio kapinėse, už Amžinosios ugnies aukuro.
Raslano apklausa. Prabėgus beveik pusei amžiaus, P. Raslanas jau neigė savo kaip žudynių organizatoriaus vaidmenį ir nurodė, kad viskam vadovavo Kampanijecas bei jam pavaldūs kariškiai. Neigė ir D. Rociaus teiginį, kad buvo žudynių vietoje. Tačiau iki 1990 m. balandžio kitais objektyviais duomenimis (prokurorų nuomone) vis dar nebuvo patvirtintos ar paneigtos P. Raslano ir D. Rociaus 1942 m. paaiškinimuose Sniečkui nurodytos kalinių nužudymo aplinkybės, nepavyko nustatyti spec. komisijos narių Ždanovo ir Jarmolajevo bei karinio dalinio ir jo kariškių. Nustatytas ir apklaustas kaip liudytojas Vaclovas Rubinas, kuris, paprašytas atkastus palaikus apžiūrėjusio gydytojo Plechavičiaus, aprašė sužalojimus (nustatyti ir apklausti nužudytųjų artimieji prieštaravo ekshumavimui). Taip pat buvo nustatyta, kad vienas žudynių organizatorių, 8-osios armijos politinis darbuotojas, bataliono komisaras Michailas Pavlovičius Kompanijecas (1913–1941) žuvo 1941 m. rugpjūčio 20 d. ties Kingisepu (Leningrado sr.). Nei Ždanovas, nei A. Galkinas, nei Jermolajevas nebuvo surasti. Prokurorų nuomone, negalint naudotis SSRS Gynybos ministerijos archyvais, nepavykus nustatyti visų „specialiosios komisijos“ narių bei žudynes vykdžiusio karinio dalinio, „negalima objektyviai ir pilnai įrodyti ir spręsti jų, tame tarpe ir Petro Raslano, vaidmens šio nusikaltimo vykdyme, jų kaltės ir atsakomybės klausimą“. Be to, esą reikia turėti įstatymą, kurio pagrindu nebūtų taikoma senatis. Šiais motyvais 1990 m. balandžio 27 d. bylos tyrimas buvo sustabdytas.
Balašichos gyventojas Petras R. Praėjo dveji metai. 1992 m. balandžio 9 d. Aukščiausioji Taryba priėmė įstatymą „Dėl atsakomybės už Lietuvos gyventojų genocidą“. Tuo pagrindu 1992 m. balandžio 21 d. Generalinės prokuratūros ypatingai svarbių bylų tardytojas A. Stepučinskas atnaujino parengtinį tardymą. Bet tik porai mėnesių. Buvo priimtas nutarimas patraukti kaltinamuoju Petrą Raslaną. Tų pačių metų birželio 30 d. konstatavęs, kad paskelbus per žiniasklaidą kvietimą suteikti papildomos informacijos, jokių papildomų duomenų negauta, o P. Raslanas išvykęs gyventi į Rusiją, su kuria Lietuva neturi sutarties dėl teisinės pagalbos, bylos tyrimą sustabdė – tol, kol bus sudaryta minėta sutartis ir nustatyta 1991 m. vasarą į Rusiją išvykusio P. Raslano gyvenamoji vieta.
Praėjus dar pusantrų metų iš Maskvos buvo gauta informacija apie Petrą R. ir adresas (Maskvos sr. Balašichos m. Objedinenija 3-60). 1993 m. rugsėjo 14 d. apklausos protokole dėl A. Ramanausko-Vanago sulaikymo 1956 m. nurodyta, kad P. Raslanas patvirtino J. Sinicino ir L. Martavičiaus dalyvavimą sulaikymo operacijoje, o į visus kitus klausimus atsakė vienodai: „Man nieko apie tai nežinoma.“
1993 m. spalio 5 d. parengtinį tardymą atnaujino Generalinės prokuratūros tardytojas G. Plioplys. Tuo metu jau buvo sudaryta sutartis su Rusija dėl teisinės pagalbos. Lapkritį bylą į savo rankas perėmė Generalinės prokuratūros Specialiųjų tyrimų skyriaus prokuroras J. Vitkus ir po poros mėnesių ją vėl sustabdė, iki bus gauti atsakymai iš Rusijos. Nustačius įtariamųjų D. Rociaus ir M. Kompanijeco mirties aplinkybes, jų atžvilgiu byla 1994 m. nutraukta, o sausio 12 d. generalinis prokuroras A. Paulauskas jau trečią kartą (prieš tai 1992 08 05, 1993 03 25) kreipėsi į Rusijos generalinį prokurorą A. Kazanniką dėl P. Raslano išdavimo. Rusijos Federacija jį išduoti atsisakė.
1994 m. birželio 10 d. P. Raslano baudžiamoji byla perduota teisminiam nagrinėjimui. Rugpjūčio 23 d. Lietuvos Aukščiausiojo Teismo teisėjas J. Tomaševičius grąžino bylą prokuratūrai, nes vienas kaltinimas nebuvo paskelbtas kaltinamajam, taip pat jam nebuvo pranešta, jog gali susipažinti su byla. Generalinis prokuroras vėl kreipėsi į Rusiją su prašymu apklausti P. Raslaną, o laukiant atsakymo, rugsėjo 20 d., parengtinis tardymas byloje sustabdytas. 1997 m. gruodžio 23 d. Lietuvos Baudžiamojo proceso kodekso 166 str. buvo papildytas nuostata, kad genocidu kaltinamam asmeniui, kuris gyvena ne Lietuvos teritorijoje ir vengia atvykti pas tardytoją, kaltinimas nepareiškiamas, o kaltinimo nepareiškimas netrukdo užbaigti parengtinį tardymą ir bylą perduoti teismui. Vadovaujantis šia nuostata, 1998 m. kovo 10 d. parengtinis tardymas buvo atnaujintas. Tais pačiais metais gautas P. Raslano raštiškas atsisakymas atvykti į Lietuvos generalinę prokuratūrą. 1999 m. sausio 11 d. Specialiųjų tyrimų skyriaus vyriausiasis prokuroras R. Valentukevičius surašė kaltinamąją išvadą ir byla buvo perduota Šiaulių apygardos teismui.
Rusijos Federacijos teisingumo ministerijai buvo persiųsta kaltinamoji išvada, jos vertimas į rusų kalbą ir šaukimas į teismą, kad visa tai būtų įteikta kaltinamajam P. Raslanui. Tačiau jokių patvirtinimų, kad šie dokumentai įteikti, iš Rusijos taip ir nebuvo gauta. Dėl šios priežasties teismo posėdis buvo vis atidedamas. 2000 m. pradžioje per ambasadorių Rusijoje Zenoną Numavičių eilinį kartą buvo kreiptasi į Rusijos teisingumo ministrą Jurijų Čaiką dėl teisinės pagalbos prašymo vilkinimo. Tik 2000 m. balandžio mėn. iš Rusijos gautas patvirtinimas apie šio teisinės pagalbos prašymo įvykdymą. Lietuvos Respublikos generalinė prokuratūra 2000 m. liepos 5 d. kreipėsi į Rusijos generalinį prokurorą V. V. Ustinovą, prašydama apklausti P. Raslaną, tačiau gavo atsakymą, kad „apklausti nėra galimybės, nes pagal medicininės įstaigos, kurioje jis yra įskaitoje, pažymą, psichinė būsena apsunkina adekvatų kontaktą.“
Įveikęs visas teisines kliūtis, 2001 m. balandžio 5 d. Šiaulių apygardos teismas (teisėjai V. Birbilas (teisėjas tais pačiais metais išleido dokumentinę apybraižą apie Rainių kankinius „Penktasis dievo įstatymas“), N. Matuzevičienė ir D. Burbulienė) paskelbė nuosprendį P. Raslano baudžiamojoje byloje ir pripažino jį okupacinei valdžiai priešiškai nusiteikusių asmenų nužudymo organizatoriumi. P. Raslanas pripažintas kaltu pagal BK 71 str. 2 dalį ir nuteistas (už akių) laisvės atėmimu iki gyvos galvos. Išverstas į rusų kalbą nuosprendis buvo nusiųstas Rusijos Federacijos teisingumo ministerijos žiniai. Tačiau P. Raslanui jis nebuvo įteiktas. Po dvejų metų gautas atsakymas, kad Maskvos srities justicijos valdybos darbuotojas dokumentus „pametė“...
